W ciągu ostatnich lat problemem w zakresie rozliczania podatku dochodowego od osób fizycznych jest udzielanie pracownikom świadczeń nieodpłatnych. W praktyce powstało pytanie, czy jako takie świadczenia należy traktować przekazane członkom i współpracownikom organizacji honorowe odznaczenia, plakietki, książki itp., czyli wszelkiego rodzaju upominki, będące honorowym wyróżnieniem oraz czy organizacja powinna rozliczyć z tego tytułu podatek dochodowy.
Organizacja non profit, jako płatnik, może dokonać za pracownika rozliczenia podatkowego w PIT-40 tylko wtedy, gdy spełnione są określone warunki. Pracodawca musi bowiem posiadać oświadczenie PIT-12 od pracownika. Ponadto trzeba pamiętać, że PIT-40 dotyczy osób, które nie zamierzają rozliczać się wspólnie z małżonkiem ani w sposób przewidziany dla osób samotnie wychowujących dzieci.
Wynagrodzenie jest zobowiązaniem pracodawcy, które jako zobowiązanie prawne wynikające ze stosunku pracy, nie wygasa w przypadku śmierci pracownika, mimo iż jego śmierć powoduje automatyczne wygaśnięcie stosunku pracy. Świadczenia ze stosunku pracy zaś, w tym prawo do wynagrodzenia, może podlegać dziedziczeniu na podstawie przepisów kodeksu pracy, jak również kodeksu cywilnego.