W ciągu ostatnich lat problemem w zakresie rozliczania podatku dochodowego od osób fizycznych jest udzielanie pracownikom świadczeń nieodpłatnych. W praktyce powstało pytanie, czy jako takie świadczenia należy traktować przekazane członkom i współpracownikom organizacji honorowe odznaczenia, plakietki, książki itp., czyli wszelkiego rodzaju upominki, będące honorowym wyróżnieniem oraz czy organizacja powinna rozliczyć z tego tytułu podatek dochodowy.
Organizacja non profit, jako płatnik, może dokonać za pracownika rozliczenia podatkowego w PIT-40 tylko wtedy, gdy spełnione są określone warunki. Pracodawca musi bowiem posiadać oświadczenie PIT-12 od pracownika. Ponadto trzeba pamiętać, że PIT-40 dotyczy osób, które nie zamierzają rozliczać się wspólnie z małżonkiem ani w sposób przewidziany dla osób samotnie wychowujących dzieci.
Wystąpienie płatnika z wnioskiem o odroczenie terminu płatności zaliczek na podatek dochodowy od wynagrodzeń pracowników lub osób, z którymi zawarto umowę cywilnoprawną, musi być spowodowane szczególnymi okolicznościami, w jakich znalazł się płatnik, albo interesem publicznym. Decyzja organu podatkowego w tym zakresie ma bowiem charakter uznaniowy, co oznacza, że może on pozytywnie rozpatrzyć wniosek, ale nie ma takiego obowiązku.