Pracodawca powinien wypłacić wynagrodzenie chorobowe tylko za dni do dnia rozpoczęcia urlopu bezpłatnego. Choroba pracownika w czasie urlopu bezpłatnego nie powoduje jego przerwania.
Urlop bezpłatny udzielony pracownikowi na podstawie Kodeksu pracy jest przerwą w wykonywaniu pracy i przerwą w ubezpieczeniu pracowniczym. Korzystanie przez pracownika z urlopu bezpłatnego ma bezpośredni wpływ na prawo pracownika do świadczeń z ubezpieczeń społecznych, w tym do zasiłku chorobowego. Zgodnie z art. 12 ustawy z 25 czerwca 1999 r. o świadczeniach pieniężnych z ubezpieczenia społecznego w razie choroby i macierzyństwa (DzU z 2010 r. nr 77, poz. 512 ze zm.) zasiłek chorobowy nie przysługuje za okresy niezdolności do pracy przypadającej w czasie urlopu bezpłatnego. W tym czasie pracownik nie ma również prawa do wynagrodzenia za czas choroby.
Niezdolności do pracy spowodowanej chorobą przypadającej w okresie urlopu bezpłatnego nie wlicza się ani do okresu zasiłkowego, ani do pierwszych 33 dni nieobecności, za które pracownikowi na podstawie Kodeksu pracy przysługuje wynagrodzenie chorobowe. W czasie urlopu pracownik nie będzie miał również prawa do innych świadczeń z tytułu choroby lub macierzyństwa, np. świadczenia rehabilitacyjnego czy zasiłku macierzyńskiego.
Jeżeli niezdolność do pracy z powodu choroby, opieki lub macierzyństwa powstanie w okresie urlopu bezpłatnego i trwa nadal po zakończeniu tego urlopu, pracownik ma prawo do zasiłków oraz wynagrodzenia chorobowego, ale wyłącznie za okres przypadający po zakończeniu urlopu bezpłatnego.
Jeżeli pracownik nie może rozpocząć urlopu w ustalonym terminie z powodu czasowej niezdolności do pracy wskutek choroby, pracodawca jest zobowiązany przesunąć urlop na późniejszy termin (art. 165 k.p.). Natomiast choroba pracownika podczas urlopu bezpłatnego nie powoduje jego przerwania. Potwierdza to Sąd Najwyższy, który w swoim wyroku stwierdził, że choroba pracownika w okresie urlopu bezpłatnego nie powoduje wyłączenia czasu trwania choroby z okresu urlopowego i przedłużenia tego okresu o czas choroby (wyrok SN z 30 sierpnia 1973 r., I PR 408/73, OSNC 1974/5/96). Pracownik nie może więc przedłużyć sobie urlopu bezpłatnego o okres, w jakim pozostawał niezdolny do pracy z powodu choroby.