Kształcenie ucznia na podstawie indywidualnego programu może odbywać się w zakresie jednego lub też kilku przedmiotów przewidzianych w szkolnym programie nauczania dla danej klasy i według programu dostosowanego do indywidualnych uzdolnień, zainteresowań i możliwości edukacyjnych ucznia (rozporządzenie MENiS z 19 grudnia 2001 r. w sprawie warunków i trybu udzielania zezwoleń na indywidualny program lub tok nauki oraz organizacji indywidualnego programu lub toku nauki, DzU z 2002 r. nr 3, poz. 28).
Program ten opracowuje nauczyciel prowadzący zajęcia, które mają być realizowane na podstawie indywidualnego programu nauki. Indywidualny tok nauki polega na kształceniu się ucznia według innego systemu niż udział w obowiązkowych zajęciach edukacyjnych, w zakresie jednego, kilku lub wszystkich obowiązujących zajęć edukacyjnych przewidzianych w planie nauczania danej klasy. Uczeń może kształcić się na podstawie indywidualnego programu nauczania i w indywidualnym toku nauki, w sytuacji gdy uzyska zezwolenie dyrektora szkoły.
Dyrektor szkoły wydaje ww. zezwolenie na wniosek:
- zainteresowanego ucznia (niepełnoletniego – za zgodą rodziców),
- rodziców (prawnych opiekunów),
- wychowawcy klasy lub nauczyciela prowadzącego zajęcia, których dotyczy wniosek, za zgodą rodziców oraz pełnoletniego ucznia.
Wniosek o nauczanie indywidualne jest składany za pośrednictwem wychowawcy klasy, który jest zobowiązany do dołączenia opinii m.in. o predyspozycjach, możliwościach i oczekiwaniach ucznia. Dyrektor szkoły przed podjęciem decyzji zasięga opinii rady pedagogicznej oraz opinii publicznej poradni psychologiczno-pedagogicznej w tej sprawie. Udzielając zezwolenia na indywidualny program lub tok nauki, dyrektor szkoły wyznacza uczniowi nauczyciela opiekuna, a także ustala jego obowiązki. Dyrektor szkoły jest więc zobowiązany do szczegółowego określenia obowiązków opiekuna ucznia nauczania indywidualnego.
Uczeń realizujący indywidualny tok nauki jest zobowiązany do zdawania egzaminu kwalifikacyjnego; nie dotyczy to jednak uczniów klas I–III szkoły podstawowej. Ocenianie, klasyfikowanie i promowanie ucznia realizującego indywidualny program lub tok nauki odbywa się na warunkach i w sposób określony w przepisach w sprawie warunków i sposobu oceniania, klasyfikowania i promowania.
Zasady wynagradzania nauczycieli prowadzących nauczanie indywidualne nie różnią się od wynagradzania innych nauczycieli pracujących w szkole. Tak więc nauczyciel może realizować nauczanie indywidualne w ramach swojego pensum lub też godzin ponadwymiarowych. Decyzje w tym zakresie podejmuje dyrektor szkoły.