„Autonomiczność” klauzul sprowadza się do tego, że nie są one elementem stosunku pracy, lecz występują obok niego jako stosunek prawny pochodny od stosunku pracy (por. wyrok SN z 16 czerwca 2005 r., I PK 260/04, OSNP 2006/9–10/145). Mogą one być zawierane, zmieniane i rozwiązywane w każdym czasie, bez wpływu na sam stosunek pracy. Klauzule te mogą być zamieszczone w tym samym dokumencie, w którym sporządza się łączącą pracownika i pracodawcę umowę o pracę. W praktyce częstsze są jednak przypadki redagowania ich treści w oddzielnych dokumentach.
Podstawę do zawierania klauzul autonomicznych zawierają przepisy prawa pracy i dlatego klauzule te zalicza się do umów prawa pracy, nie zaś do umów o charakterze cywilnoprawnym. Należy jednak zauważyć, że regulacja dotycząca klauzul autonomicznych w prawie pracy może nie być pełna. Zazwyczaj ustawodawca ogranicza się do zezwolenia stronom zawarcia określonej umowy, niekiedy także wskazuje na ich minimalną treść. W zakresie nieuregulowanym przepisami prawa pracy strony mogą kształtować łączącą ich więź zgodnie z własną wolą. Celowi temu służy zasada swobody umów określona w art. 3531 k.c., który ma zastosowanie w prawie pracy na mocy odesłania zawartego w art. 300 k.p. Nie oznacza to, że wola stron jest niczym nielimitowana. Granicę swobody kontraktowania wyznaczają zasady prawa pracy, w tym zasada uprzywilejowania pracownika zapisana w art. 18 § 2 k.p. Stosownie do niej postanowienia umów mniej korzystne dla pracownika niż przepisy prawa pracy są nieważne. Zamiast nich stosuje się odpowiednie przepisy prawa pracy.
Klauzule autonomiczne należy odróżnić od dodatkowych postanowień uzupełniających treść stosunku pracy. Tak jest w przypadku zastrzeżenia dopuszczalności wcześniejszego rozwiązania umowy na czas określony, dłuższy niż 6 miesięcy, za dwutygodniowym okresem wypowiedzenia (art. 33 k.p.). Przedmiotem klauzul autonomicznych mogą być natomiast sprawy niezwiązane z zakresem obowiązków określonych dla stanowiska zajmowanego przez pracownika.
Sztandarowym przykładem klauzuli autonomicznej jest klauzula konkurencyjna po ustaniu stosunku pracy (art. 1012 k.p.). Autonomiczność umowy o zakazie konkurencji po ustaniu stosunku pracy podkreśla fakt, że tworzy ona stosunek prawny, który aktualizuje się dopiero z chwilą ustania stosunku pracy. Na odrębność tej umowy zwrócił także uwagę Sąd Najwyższy w wyroku z 12 listopada 2003 r., w którym wskazał, że do zmiany warunków klauzuli konkurencyjnej nie ma zastosowania przewidziana w art. 42 k.p. instytucja wypowiedzenia warunków pracy i płacy wynikających z umowy o pracę (I PK 591/02, OSNP 2004/20/349). Umowa o zakazie konkurencji po ustaniu stosunku pracy powinna być zawarta między pracodawcą a pracownikiem mającym dostęp do szczególnie ważnych informacji, których ujawnienie mogłoby narazić pracodawcę na szkodę. W umowie określa się okres obowiązywania zakazu konkurencji oraz wysokość odszkodowania należnego pracownikowi od pracodawcy.
Ograniczeniem dla swobody kontraktowej stron jest art. 1012 § 3 k.p. Wskazuje on, że odszkodowanie zastrzeżone dla pracownika nie może być niższe od 25% wynagrodzenia otrzymanego przez pracownika przed ustaniem stosunku pracy przez okres odpowiadający okresowi obowiązywania zakazu konkurencji. Treść klauzuli konkurencyjnej mogą uzupełniać instytucje prawa cywilnego. Przykładem tego jest kara umowna zastrzegana na rzecz byłego pracodawcy na wypadek niewykonania lub nienależytego wykonania przez pracownika obowiązku powstrzymywania się od działalności konkurencyjnej, a także odstąpienie od umowy lub jej rozwiązanie za wypowiedzeniem pracodawcy z zastrzeżeniem warunku wskazania okoliczności stanowiących przesłanki wypowiedzenia (wyrok SN z 26 lutego 2003 r., I PK 139/02, OSNP 2004/14/241).
Przykładem klauzuli autonomicznej jest również umowa o wspólnej odpowiedzialności pracowników za mienie powierzone. Umowę taką można zawrzeć jedynie z osobą pozostającą w zatrudnieniu. Jest to odrębna umowa – nie musi więc obejmować całego okresu pozostawania w stosunku pracy; może dotyczyć różnych jego okresów. Ten sam pracownik może zresztą zawrzeć wiele umów o wspólnej odpowiedzialności w czasie zatrudnienia. Umowa o współodpowiedzialności za mienie powierzone wygasa najpóźniej w związku z wygaśnięciem umowy o pracę. Odwrotny skutek w postaci ustania stosunku pracy w związku z ustaniem umowy o wspólnej odpowiedzialności za mienie powierzone nie następuje. Umowa powinna zawierać postanowienia o udziale poszczególnych pracowników za niedobory, jakie mogą powstać w przyszłości. Udział można określić procentowo lub w ułamku. Nieustalenie udziału nie prowadzi do nieważności umowy, lecz do ustalenia równych udziałów. Jak zauważył Sąd Najwyższy w wyroku z 19 marca 1998 r., pracodawca w przypadku odpowiedzialności za mienie powierzone (art. 124 k.p.) jest zobowiązany udowodnić wyrządzenie przez pracownika szkody w tym mieniu i jej wysokość. Zmiana w tym zakresie na niekorzyść pracownika w drodze umowy jest niedopuszczalna (I PKN 564/97, OSNP 1999/5/162). Nie jest możliwe zwolnienie pracodawcy z obowiązku prawidłowego powierzenia mienia łącznie wszystkim pracownikom, którzy mają być objęci współodpowiedzialnością na podstawie inwentaryzacji przeprowadzonej z ich udziałem lub z udziałem osób przez nich wskazanych.
Na zasadach określonych w odrębnej umowie może odbywać się podnoszenie kwalifikacji zawodowych przez pracownika. Przewiduje to art. 1034 § 1 k.p. Umowa o podnoszenie kwalifikacji zawodowych powinna zostać zawarta na piśmie i zawierać postanowienia określające wzajemne prawa i obowiązki pracodawcy i pracownika. Swoboda stron tej umowy jest ograniczona z mocy art. 1034 § 2 k.p., który stanowi, że umowa nie może zawierać postanowień mniej korzystnych dla pracownika niż przepisy rozdziału dotyczącego podnoszenia kwalifikacji zawodowych pracowników. Tym samym szkolącemu się pracownikowi pracodawca może przyznać świadczenia obligatoryjne oraz fakultatywne. Do pierwszych należy urlop szkoleniowy oraz zwolnienie z całości lub części dnia pracy, na czas niezbędny, by punktualnie przybyć na obowiązkowe zajęcia oraz na czas ich trwania. Obniżenie obowiązującego wymiaru urlopu i zwolnień nie jest możliwe. Pracodawca może także przyznać pracownikowi podnoszącemu kwalifikacje zawodowe dodatkowe świadczenia, w szczególności pokryć opłaty za kształcenie, przejazd, podręczniki i zakwaterowanie. Zakres i rodzaj świadczeń powinna precyzować umowa.