Układy zakładowe i ponadzakładowe podlegają wpisowi do rejestrów prowadzonych odpowiednio przez właściwego okręgowego inspektora pracy i ministra pracy. Jeżeli układ jest zawarty zgodnie z prawem, podlega rejestracji w ciągu 3 miesięcy (dla układu ponadzakładowego) lub w ciągu 1 miesiąca (dla układu zakładowego) – od dnia złożenia wniosku w tej sprawie przez jedną ze stron układu.
Jeżeli postanowienia układu są niezgodne z prawem, organ uprawniony do jego rejestracji ma 2 możliwości. Może za zgodą stron układu wpisać układ do rejestru bez tych postanowień, albo wezwać strony układu do dokonania w układzie odpowiednich zmian w terminie 14 dni. Jeżeli strony układu nie wyrażą zgody na wpisanie układu do rejestru bez postanowień niezgodnych z prawem lub nie dokonają w terminie odpowiednich zmian w układzie, organ uprawniony do rejestracji układu odmawia jego rejestracji.
Od odmowy zarejestrowania układu jego stronom przysługuje odwołanie albo do Sądu Okręgowego – Sądu Pracy i Ubezpieczeń Społecznych w Warszawie (w przypadku układu ponadzakładowego), albo do właściwego dla siedziby pracodawcy sądu rejonowego – sądu pracy (w przypadku układu zakładowego). Odwołanie składa się w ciągu 30 dni od dnia zawiadomienia o odmowie rejestracji. Sąd rozpoznaje takie sprawy w trybie przepisów Kodeksu postępowania cywilnego o postępowaniu nieprocesowym.
Osoba mająca interes prawny może wystąpić (na piśmie wraz z uzasadnieniem) do organu, który układ zarejestrował z zastrzeżeniem, że został on zawarty z naruszeniem przepisów o zawieraniu układów zbiorowych pracy. Osoba ta ma na to 90 dni od dnia zarejestrowania układu. Organ rejestrujący w ciągu 14 dni po otrzymaniu zastrzeżenia wzywa strony układu do przedstawienia dokumentów i złożenia wyjaśnień niezbędnych do rozpatrzenia zastrzeżenia. W razie potwierdzenia naruszenia przepisów o zawieraniu układów zbiorowych pracy, organ rejestrujący wzywa strony układu do usunięcia tych nieprawidłowości, chyba że ich usunięcie nie jest możliwe. W razie gdy zarówno wyjaśnienie, jak i usunięcie nieprawidłowości było niemożliwe, organ rejestrujący wykreśla układ z rejestru układów.
Układ wchodzi w życie w terminie w nim określonym, nie wcześniej jednak niż z dniem zarejestrowania.
W celu zapewnienia jednolitych zasad rejestracji układów zbiorowych pracy i prowadzenia rejestru tych układów minister pracy wydał rozporządzenie w sprawie trybu postępowania w sprawie rejestracji układów zbiorowych pracy, prowadzenia rejestru układów i akt rejestrowych oraz wzorów klauzul rejestracyjnych i kart rejestrowych.